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蛋白質組學和代謝組學 定量蛋白質組學 DIA

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    DIAData Independent Acquisition,數據非依賴性采集技術)的定義最早由Venable在2004年提出,和數據依賴性采集技術(DDA)不同點在于DDA需要選擇特定母離子進行碎裂,DIA則是將整個質譜掃描質量范圍分為若干小窗口,依次對每個窗口的所有離子進行碎裂采集所有能夠采集的碎片離子信息。但是由于一個窗口內的眾多母離子肽段會同時碎裂,因此碎片離子和母離子的對應關系就很難精準確認,所以在進行DIA數據分析之前需要基于DDA方法建立一個真實的譜圖庫。


適用范圍:

所有樣本均適用,尤其是難取得的珍貴樣本;

大樣本量項目DIA定量的優勢體現更顯著。


技術優勢:

        與傳統的shot-gun技術相比(見下圖),DIA采集模式數據采集具有以下優點:

數據采集更全面,無數據丟失,數據可追溯;

定量鑒定復雜的樣品中所有分子,包括低豐度蛋白;

定量準確度高:定量準確度與MRM技術相當。



實驗流程

送樣指導


樣品類型

樣品要求(/組樣品)

備注

蛋白質溶液

蛋白質總量≥300μg

重復實驗則量翻倍,建議準備兩份樣品備用。

組織樣品

樣品總量≥0.1g

按照蛋白質組織提取效率(蛋白:組織=7%

細胞樣品

細胞數量≥107

胰酶消化,按細胞凍存標準離心收集細胞即可。

體液樣品

血清≥200μL,腦脊液≥200μL,尿液≥1mL ,淚液≥1mL.

 

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論壇

案例分析:背側和腹側海馬不同的DIA蛋白質組、轉錄組和表觀遺傳應激反應


研究背景:急性壓力會通過改變海馬體功能引發神經精神障礙并損害認知過程,為了解析壓力導致的海馬體背側和腹側區域的分子變化,作者通過小鼠模型,利用定量蛋白質組SWATH-MS和轉錄組學技術分析了壓力刺激前后背側dHC和腹側海馬體vHC)區域的分子變化。

結果解讀:

 

 

參考文獻:

Floriou-Servou A, von Ziegler L, Stalder L et al., Distinct Proteomic, Transcriptomic, and Epigenetic Stress Responses in Dorsal and Ventral Hippocampus. Biol Psychiatry. 2018, 84:531-541. doi: 10.1016/j.biopsych.2018.02.003.

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